清康熙至光緒的間，湖北、河南地方多次遭受水旱災害，災民陸續(xù)南遷。1850年（清道光三十年）前后，宣城、廣德、寧國、郎溪等地成為太平軍與清兵爭奪的戰(zhàn)場，居民多避難外逃，這一帶便成了十室九空的荒涼地區(qū)。在清政府向這些地方移民時，湖北東路花鼓調與河南曲子便隨湖北、河南的移民傳入皖南，開始在這些地方的農(nóng)村出現(xiàn)了“打五件”（鼓、大鑼、小鑼、鈸、竹板五件樂器）的說唱形式。由一人或兩人合作，沿門自打自唱討取報酬。所唱曲調以湖北東路花鼓調的[蠻蠻腔]和[四平調]為主，也唱河南的[燈曲子]調。職業(yè)性的“打五件”藝人們，大量吸收皖南民間曲調，豐富和發(fā)展了唱腔，逐漸成為分男女角、又唱又做的“地攤子”表演形式，這便是皖南花鼓戲從民間歌舞形式發(fā)展成戲劇藝術形式的初期階段。

由于“地攤子”經(jīng)常演出，節(jié)目積累漸多，特別由于演出節(jié)目中注重了人物故事的描敘，因此需要大段的便于表達情緒、描寫故事的唱腔。于是，表現(xiàn)力較強的、變化較多的腔調便被廣泛采用，除“四平調”、“蠻蠻腔”外，還有“北扭子”和“淘腔”等。這些曲調在演唱中得到了豐富提高，逐漸形成了戲劇唱腔曲調中的“主腔”和“花腔”。之后，藝人們又不斷地吸收民間藝術和徽劇、京劇等劇種的藝術成分，促進了自己藝術的發(fā)展，隨之誕生了職業(yè)性的“四季班”和“草臺班”，給皖南花鼓戲奠定了藝術基礎。

“四季班”藝人們?yōu)榱藵M足觀眾需要，積極創(chuàng)造和積累劇目、唱腔和表演藝術。如根據(jù)民歌《繡荷包》、《繡花鞋》等編成了戲曲《繡荷包》、《繡藍衫》等。根據(jù)說唱故事編成《方卿見姑》。根據(jù)民間故事編成《蕎麥記》、《天平山》等劇。還從目連戲、京劇移植改編了《傅羅卜取經(jīng)》、《小尼姑下山》等劇目。唱腔藝術也由此有了顯著的提高，主腔的板式除了“中板”、“慢板”、“快板”外，還發(fā)展了“對板”、“連板”、“削板”、“夾數(shù)板”、“清板滾唱”等，音樂表現(xiàn)力很強，能表達比較復雜的人物感情和豐富曲折的劇情。

帶職業(yè)性的“四季班”在農(nóng)村演出受到農(nóng)民的熱愛和歡迎時，統(tǒng)治階級對它的迫害便接踵而至，以“花鼓淫戲，敗壞風化”的罪名明令禁演。這樣，藝人們只能在農(nóng)民的掩護下到偏僻地區(qū)演出，有時不得不與京劇、徽劇合班演出，農(nóng)民稱這些班社為“草臺班”。在“草臺班”發(fā)展過程中，吸收了京劇、徽劇的表演和唱腔藝術，服裝和化妝方面也有改進和提高。劇目上出現(xiàn)了本戲，上演劇目由20多個增加到近百個。

1950年起，皖南花鼓戲由瀕于滅絕轉向復蘇，繼而一步步走上振興之路，一批優(yōu)秀劇目，相繼脫穎而出。其中，《老板娘》獲得中宣部“五個一工程”提名獎，《送瓜苗》獲第11屆中國曹禺戲劇獎全國小品小戲大賽一等獎。為進一步拓展皖南花鼓戲生存與發(fā)展空間，為了緩解劇團人員青黃不接的問題，宣城市專門為劇團增加了編制。2006年，宣城市邀請有關專家和各界人士，成功舉辦了首屆皖南花鼓戲調研活動。2007年底，宣城市報批的皖南花鼓戲研究基地項目正式獲批。